يقوم القسم برصد ورقابة تولد ونقل والتخلص السليم من النفايات الخطرة والطبية من خلال نظام شامل للتصريح والرقابة، حيث يتم تحديد إجراءات التخلص والنقل والمعلومات والاختبارات المطلوبة وفقاً لسياسة قبول النفايات المعتمدة، وذلك بالتنسيق مع قسم معالجة النفايات في إدارة البيئة.
كما يقوم القسم بالإشراف على تنفيذ الضوابط والقواعد المنظمة لإدارة البضائع الخطرة في إمارة دبي، بما في ذلك إصدار تصاريح تخليص البضائع الخطرة. وفي سبيل تنفيذ أفضل الممارسات في هذا المجال قام القسم في عام 1997 بإصدار "دليل الممارسة بشأن إدارة البضائع الخطرة بإمارة دبي".