من أجل دعم الأنشطة الصناعية في الأمارة ولضرورة إدارة النفايات الخطرة بما يحقق حماية صحة وسلامة الجمهور والبيئة، يقوم قسم معالجة النفايات بتشغيل منشأة متكاملة لمعالجة النفايات الخطرة وفقاً لأرقى المستويات. يضم الموقع عدة وحدات للمعالجة، مثل: وحدة المعالجة الكيماوية، وحدة التثبيت، أحواض التبخير والمدافن المبطنة. وإضافة إلى ذلك تم في عام 2001 تشغيل محرقة متطورة للنفايات الطبية. وقد قامت منشآت المعالجة في عام 2002 باستقبال ومعالجة حوالي 108 ألف طن من النفايات الخطرة والصعبة إضافة إلى 588 طن من النفايات الطبية الناتجة من القطاعين الحكومي والخاص.
ومن أجل تقديم أفضل خدمات للمتعاملين، تم توصيل المنشأة بموقع البلدية على الإنترنت، حيث يتمكن المتعاملون المسجلون من المتابعة الفورية لعمليات التخلص من نفاياتهم الخطرة. وقد حازت هذه المنشأة على جائزة دبي للأداء الحكومي المتميز كأفضل مشروع تقني لعام 2000، علاوة على أنها مرشحة حاليا لنيل شهادات الأيزو 9001 والأيزو 14001